C'è differenza nel tipo di infestazioni che posso subire una coltivazione indoor o una coltivazione outdoor.
Nelle coltivazioni indoor c'è più possibilità di tenere sotto controllo eventuali forme infestanti, che però trovano nel clima della grow box un fattore ideale di vita per crescere e riprodursi se non controllate per tempo. anche il fatto che nelle serre indoor non ci siano altri insetti, che nel ciclo outdoor tengono a bada eventuali attacchi infestanti, fa si che se un insetto che inizia a riprodursi non trovi gli ostacoli naturali che troverebbe fuori e la temperatura intorno ai 25° fa si che il ciclo riproduttivo sia molto rapido. Anche il controllo di muffe o funghi è importantissimo nella coltivazione indoor perchè può essere causa di distruzione di un raccolto anche in prossimità della raccolta. Tali infestazioni si possono prevenire con una buona areazione e ventilazione della grow room, oltre che con gli specifici prodotti preventivamente spruzzati.
Nelle coltivazioni outdoor è importante, se possibile, agire preventivamente contro agenti patogeni che hanno tutte le condizioni ideali per far fuori una coltivazione anche in prossimità del raccolto.